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Formation qualifiante : Bioinformatique structurale 1 : modélisation moléculaire

Préparer les participants aux notions théoriques récentes sur l’analyse de la structure des protéines. Appliquer les méthodes directement sur les projets scientifiques des participants.

PARIS

Contenu

DE LA SÉQUENCE À LA STRUCTURE :
ELABORATION DE MODÈLES STRUCTURAUX SUR LA BASE DE STRUCTURES CONNUES DE PROTÉINES HOMOLOGUES.
► Principes de la modélisation par homologie
► Rappels sur les familles de repliement protéique
► Description des bases de données de structures : Protein Data Bank
► Alignements de séquences et structures
► Sélection des cibles structurales, construction des squelettes polypeptidiques, boucles et structures secondaires
► Les chaînes latérales : description des conformations. Outils de construction
► Optimisation des structures construites sur la base de critères énergétiques : notion de champ de force
► Evaluation des modèles construits. Recommandations
► Cas particulier des protéines membranaires : prédiction des segments transmembranaires
PARTIE PRATIQUE (5H PAR JOUR)
SUR DES STATIONS LINUX OU WINDOWS
► Rappels d’utilisation des programmes d’analyse de séquence (le choix des différents programmes est essentiellement basé
sur leur disponibilité et gratuité via Internet)
► Initiation aux programmes de modélisation par homologie SwissPdbViewer, Modeller
► Prédiction de la conformation des chaînes latérales
► L’accent sera mis sur les limites des différentes approches et les précautions à respecter dans le cadre de ces différents
outils

Objectifs

Connaissance des notions théoriques récentes sur l’analyse de la structure
des protéines.
Application des méthodes directement sur les projets scientifiques des
participants.

Prérequis

N.C

Diplôme visé

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PARIS 1600 5 jour(s)
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