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Formation qualifiante : Bioinformatique structurale 2 : modèles 3D à bas taux d’identité

De nombreuses séquences s’avèrent extrêmement délicates à prédire d’un point de vue structural en raison de l’absence d’homologues structuraux détectables. Cette formation a pour objectif d’être capable de construire un modèle structural pertinent d’une protéine dans un tel ca

PARIS

Contenu

Partie théorique 6h
• Recherche d’homologues à bas taux d’identité : notion de profils, similitude locale. Méthodes de reconnaissance de repliement.
• Notions de prédiction de novo : structure 3D et combinaison de fragments. Limites et possibilités.
• Evaluation des modèles : descripteurs et méthodologie.

Partie pratique 24h
• Construction de différents modèles structuraux. Utilisation de différents meta-serveurs. Intégration de données biologiques.
• Evaluation et Analyse critique des résultats

Objectifs

De nombreuses séquences s’avèrent extrêmement délicates à prédire d’un
point de vue structural en raison de l’absence d’homologues structuraux
détectables. La compétence visée sera d’être capable de construire un
modèle structural pertinent d’une protéine dans un tel cas. Il s’agira donc
d’appréhender les concepts des méthodes de modélisation à bas taux d’identité
et de maîtriser les outils utilisables sur le WEB ou localement.
Outre les connaissances théoriques, l’accent sera mis sur des cas pratiques de
difficultés croissantes.
Seront ainsi abordées les approches de reconnaissance de repliement et de
prédiction de novo. Un point crucial résidera dans l’évaluation des modèles et
en particulier via l’utilisation des descripteurs caractéristiques des structures
protéiques

Prérequis

N.C

Diplôme visé

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PARIS 2050 5 jour(s)
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