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Formation qualifiante : Bioinformatique structurale 3 : prédiction de complexes par docking

Une fonction biologique donnée est assurée dans de nombreux cas par la formation de complexes protéiques. La détermination de la structure 3D de tels complexes est particulièrement délicate d’un point de vue expérimental

PARIS

Contenu

Représentation et exploration de la surface moléculaire
► Outils d’arrimage moléculaires (Docking) et fonction de scores
► Contraintes et filtres des solutions sur la base de données expérimentales
PARTIE PRATIQUE (24H)
► Construction de différents modèles structuraux. Utilisation de différents meta-serveurs. Intégration de données biologiques.
► Evaluation et analyse critique des résultats

Objectifs

Etre à l’aise dans la construction de modèles structuraux de complexes
connaissant celle des partenaires, à l’aide d’outils bioinformatiques.
Une fonction biologique donnée est assurée dans de nombreux cas par la
formation de complexes protéiques. La détermination de la structure 3D de
tels complexes est particulièrement délicate d’un point de vue expérimental.
La prédiction d’assemblages s’avère donc utile pour comprendre les
mécanismes fonctionnels.
Les notions de description de surface moléculaire, d’arrimage moléculaire
(« docking ») et d’évaluation quantitative des complexes formés (« scoring »)
seront introduites.
Différents systèmes représentatifs de problèmes biologiques importants
seront abordés sous forme d’exemples pratiques. Ils mettront en avant les
difficultés techniques dans de telles recherches.
L’utilisation des données (biologiques, biophysiques, biochimiques) et leur
traduction sous forme de contraintes ou de filtres constituera un point
significatif de la formation.

Prérequis

N.C

Diplôme visé

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PARIS 2050 5 jour(s)
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