Formation qualifiante : Programmation pour les biologistes : PYTHON 2

Approfondir les connaissances acquises dans le module « programmation PYTHON 1 ». Les participants vont pouvoir approfondir la notion de programmation objet dans un contexte d’analyse bioinformatique.

PARIS

Contenu

Partie théorique 3 h par jour
• Programmation objet en PYTHON : classes et héritage
• Scripting, wrap de programmes externes
• Interface PYTHON/C/R ou le module BIOPYTHON
Partie pratique 3 h par jour
Applications directes de la partie théorique avec comme finalité :
• Conception d’une classe minimale pour l’analyse de fichiers de séquence au format FASTA
• Interface avec un programme externe comme CLUSTALW
• Extension d’une classe pour parser les structures au format PDB

Objectifs

Etre à l’aise avec la programmation objet dans un contexte d’analyse
bioinformatique.

Prérequis

N.C

Diplôme visé

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PARIS 1350 3 jour(s)
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