Formation qualifiante : Séquençage haut débit : principes et exemples d'applications

Présenter les principes de fonctionnement des nouvelles technologies de séquençage (HTS) et exposer quelques exemples d’applications

PARIS

Contenu

JOUR 1 (6H)
Présentation de la formation par G. Lelandais et I. Leclercq (1h)
► Méthodes de séquençage HTS (2h)
Principes de fonctionnement et spécificités des différentes techniques. Définitions (« read », « single-read », « paired-read »,
profondeur et couverture). Exemples d’applications.
► Préparation du matériel biologique I (1h)
Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la recherche
d’agents pathogènes.
Préparation du matériel biologique II (2h)
Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la génétique
humaine.
JOUR 2  (6H)
► Mise en place d’une plate-forme de séquençage HTS (1h30)
Préparer le laboratoire à un projet de séquençage. Achat d’une machine ? Laquelle choisir ? Spécifications techniques et coût.
Comment réussir son installation ? Infrastructures informatiques (stockage, ressources de calculs).
Architecture d’un ordinateur (1h30)
Ressources de calculs nécessaires. Définitions importantes (le fichier FASTQ, notion de score qualité PHRED). Différents formats
de fichiers (SAM, BAM, BED, VCF etc).
► Appréhender l’analyse bioinformatique des données (1h30)
Présentation de différents cas d’études.
► Initiation à Galaxy I (1h30)
Création d’un compte. Gestion de l’historique. Création et utilisation d’un « workflow ». Partage des données entre
collaborateurs. Exemples d’application sur un jeu de données RNASeq.
JOUR 3  (3H)
► Initiation à Galaxy II (1h30)
Visualisation des résultats. Différents serveurs disponibles. Forums. Groupes de discussion et tutoriaux.
► Table ronde, bilan et discussions entre les participants (1h30).
► Discussions scientifiques et retours de la formation animés par G. Lelandais et I. Leclercq

Objectifs

Connaissance des principes de fonctionnement des nouvelles technologies de
séquençage haut débit et de la spécificité des différentes techniques à l’aide
de quelques exemples d’applications. Une alternance de cours théoriques
et de démonstrations sur ordinateurs permettra aux participants de prendre
connaissance des procédures expérimentales du séquençage haut débit
(appareillage, préparation des échantillons biologiques…) ainsi que des
prérequis nécessaires à la mise en place d’une plate-forme de séquençage.
Connaissance des différents aspects de l’analyse bioinformatique des données
(définitions, différents formats de fichiers, exemples d’outils constructeurs
disponibles). Familiarisation à l’utilisation de Galaxy

Prérequis

N.C

Diplôme visé

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PARIS 850 3 jour(s)
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